Krypta zlokalizowana jest w południowej części kaplicy Męki Pańskiej. W rzucie zbliżona jest do prostokąta o wymiarach 300–316 x 207–217 cm. Ściana wschodnia na odcinku północnym została wzniesiona z łamanego wapienia, a ściany północna i południowa wzniesiono z cegły palcowanej. Oryginalny otwór wejściowy nie jest zaznaczony w posadzce. W trakcie eksploracji wykuto prowizoryczny otwór wejściowy w sklepieniu w sąsiedztwie narożnika północno-wschodniego krypty. We wnętrzu krypty zgromadzono trumny drewniane (7) zawierające zeszkieletowane szczątki ludzkie. Najpóźniej zdeponowano cztery bardzo dobrze zachowane trumny członków Arcybractwa Dobrej Śmierci, na których odnotowano daty (1796, 1789, 1775, 1768). Wśród nich znalazła się trumna wojewodzica poznańskiego (?) Franciszka Bętkoskiego (?). Pod nimi znajdowały się starsze, bardzo zniszczone pochówki dorosłych osób świeckich i jednego dziecka.
