Krypta zlokalizowana jest w centralnej części kaplicy Męki Pańskiej. Ma kształt prostokąta, o wymiarach 250 x 107 cm Ściany północna, południowa i wschodnia wzniesione zostały z cegły palcowanej, z przewagą wątku wozówkowego. Kryptę przekryto sklepieniem kolebkowym. Podłoga w pomieszczeniu jest ceglana, nieznacznie tylko przysypana nasypem gruzowo-ziemnym. Przy ścianie północnej krypty na dwóch żelaznych płaskownikach umieszczono drewnianą, tapicerowaną trumnę, ozdobioną gwoździami tapicerskimi zawierającą całkowicie rozłożone szczątki ludzkie. Według zapisów w księdze brackiej (Archiwum Prowincji OO. Franciszkanów w Krakowie) w 1612 roku pośrodku kaplicy Męki Pańskiej wybudowano grób prywatny, przeznaczony dla kobiety.
