Krypta zlokalizowana jest w centralnej części tzw. „krzyża”, w pobliżu punktu przecięcia osi symetrii pierwotnego kościoła, wzniesionego na planie krzyża greckiego. Kształtem zbliżona jest do kwadratu o wymiarach ok. 465 x 400 cm. Jej ściany wzniesiono z cegły wyrabianej ręcznie o wymiarach W ścianie zachodniej znajduje się centralnie umiejscowiony otwór zejściowy zawarty w grubości muru; przed nim w obrębie krypty zlokalizowano strome schody ceglane z ukształtowaną pośrodku „rampą”, ułatwiającą transport trumny do wnętrza krypty. Komorę obejmuje sklepienie kolebkowe. W części wschodniej krypty oraz pod ścianami północną i południową zgromadzono 26 bogato dekorowanych trumien, zawierających szczątki ludzkie – częściowo zeszkieletowane, częściowo strupieszałe, zalegające w miejscu oryginalnej depozycji. Na kilku trumnach natomiast odnotowano następujące daty: 1760 (pochówek 3), 1728 (pochówek 6), 1705 (pochówek 19), 1645 (pochówek 25). Wskazują one, że ta podziemna przestrzeń mogła służyć do grzebania zmarłych przez około 120 lat. Potwierdza to również analiza ubiorów, ponieważ w odnalezionym zespole była odzież o kroju typowym dla XVII i XVIII wieku.
