Krypta zlokalizowana jest w północno-wschodnim narożniku nawy głównej, w pobliżu wschodniego wejścia do kaplicy Męki Pańskiej. Została założona na planie trapezu o wymiarach 220 x 210–242 cm ustawionego na osi północ południe Przekryta została sklepieniem kolebkowym Od strony południowej znajduje się oryginalne wejście. Oryginalnie do wnętrza krypty prowadziły ceglane schody z kamiennymi stopnicami z wydatnym, zaokrąglonym noskiem.
We wnętrzu krypty zgromadzono 14 drewnianych trumien, zawierających pochówki osób świeckich szlachetnie urodzonych obojga płci i dwójki dzieci. Poza nimi w krypcie odnaleziono dwa pochówki osób duchownych dostojnika kościelnego w stroju liturgicznym prawdopodobnie Wincentego Wyszkowskiego (inicjały na trumnie XWW), definitora konwentu. Niżej złożony był zmarły w 1759 roku mnich w habicie franciszkańskim. Na trumnie zalegającej w dolnych partiach krypty zarejestrowano datę 1667, na skrzyniach znajdujących się wyżej – daty 1747, 1753, 1757, 1765, 1770, 1780.
