Bazylika św. Franciszka z Asyżu stanowi integralną część kompleksu klasztoru oo. Franciszkanów, zlokalizowanego w centrum krakowskiego Starego Miasta. Przybyli z Pragi w 1237 r. z inicjatywy wojewody krakowskiego Teodora (Czadera) Gryfity bracia mniejsi zostali osadzeni na skraju warownego podgrodzia książęcego – Okołu; wówczas teren ten znajdował się w obrębie formującego się –na podłożu otwartego przedmieścia – krakowskiego ośrodka protomiejskiego, lokowanego dwadzieścia lat później na prawie magdeburskim. Otrzymali zabudowaną parcelę, na której (po usunięciu zniszczeń wywołanych przez pierwszy najazd tatarski w 1241 roku) wznieśli kościół i zabudowania klasztorne. Najstarsze, gotyckie budynki wraz z kościołem skupione są wokół kwadratowego pierwszego wirydarza. Wokół nieregularnego drugiego z wirydarzy znajdują się zabudowania powstałe w okresach późniejszych, głównie w XVII w. Po stronie południowej kompleksu znajdują się tereny zielone, w tym podwórze gospodarcze i ogród, zajmujące obszar dawnych umocnień okolskich (wału i fosy). Najmłodszym elementem zespołu jest ukończona w 2017 roku biblioteka prowincjalna.

Zespół zabudowy kościoła i klasztoru oo. Franciszkanów w Krakowie figuruje w Rejestrze Zabytków Miasta Krakowa pod numerem A –22 (A-189/M; wpis z dnia 2.06.1934). Położony jest również na obszarze „Układu urbanistycznego miasta Krakowa w granicach Plant”, wpisanego do rejestru zabytków pod nr A-1 (wpis z dn. 22.05.1933) i na Listę Dziedzictwa Światowego (1978), a także na obszarze „historycznego zespołu miasta Krakowa”, uznanego za Pomnik Historii zarządzeniem Prezydenta RP z 8 września 1994 r. (Monitor Polski 1994 nr 50 poz. 418).