Projekt „Krypty grobowe kościoła pw. św. Franciszka z Asyżu w Krakowie w świetle badań interdyscyplinarnych” jest finansowany przez Narodowe Centrum Nauki w ramach konkursu OPUS 12 (nr rejestracyjny: 2016/23/B/HS3/01910). Zasadniczym celem projektu było wszechstronne przebadanie krypt grobowych wraz z pochówkami oraz analiza układu architektonicznego podziemnych pomieszczeń i ich pełna inwentaryzacja przy użyciu najnowszych technik, między innymi skanowania 3D. Poza tym szczegółowymi badaniami przy użyciu nowoczesnych metod analitycznych zostały objęte zespoły archeologicznych zabytków ruchomych stanowiących wyposażenie grobowe, które również poddano konserwacji. Pomieszczenia pod kościołem franciszkanów zostały przebadane po raz pierwszy, a część z nich nigdy do tej pory nie była otwierana. Eksploracja krypt umożliwiła konfrontacje źródeł archeologicznych ze źródłami pisanymi znajdującymi się w klasztornym archiwum.
Badania terenowe prowadzono w latach 2017–2018 na zasadzie kilkudniowych, intensywnych i interdyscyplinarnych działań, odbywających się zarówno w dzień, jak i w nocy. Taki system wymuszony był przez konieczność dostosowania prac zespołu badawczego do kalendarza liturgicznego i codziennych praktyk religijnych, odbywających się w kościele, a także do intensywnego ruchu turystycznego w obiekcie zabytkowym o dużym znaczeniu historycznym. Podczas badań zlokalizowaliśmy 18 krypt w bazylice i 4 w krużgankach, otworzyliśmy 13, ale weszliśmy i kompleksowo przebadaliśmy 12 pomieszczeń o charakterze sepulkralnym: dziewięć w bazylice (B1–B9) i trzy w krużgankach klasztoru (K1–K3). Pozostałe (9) podziemne wnętrza mogliśmy zbadać tylko metodami nieinwazyjnymi dokonując ich analizy i oceny na podstawie obrazu z kamery inspekcyjnej wprowadzonej przez odwierty o małej średnicy. W otwartych kryptach odnaleziono i zinwentaryzowano 96 pochówków w 95 drewnianych trumnach. W jednym przypadku w krypcie nr B9 w trumnie nr 11 znaleziono szczątki dwóch osób: mężczyzny i kobiety. Prawdopodobnie szczątki kobiety jako dodatkowe dorzucono do tej trumny, gdy porządkowano krypę. Projekt jest kontynuowany, trwają jeszcze prace nad opublikowaniem wyników badań i prace konserwatorskie.
Bazylika św. Franciszka z Asyżu stanowi integralną część kompleksu klasztoru oo. Franciszkanów, zlokalizowanego w centrum krakowskiego Starego Miasta. Przybyli z Pragi w 1237 r. z inicjatywy wojewody krakowskiego Teodora (Czadera) Gryfity bracia mniejsi zostali osadzeni na skraju warownego podgrodzia książęcego – Okołu; wówczas teren ten znajdował się w obrębie formującego się –na podłożu otwartego przedmieścia – krakowskiego ośrodka protomiejskiego, lokowanego dwadzieścia lat później na prawie magdeburskim. Otrzymali zabudowaną parcelę, na której (po usunięciu zniszczeń wywołanych przez pierwszy najazd tatarski w 1241 roku) wznieśli kościół i zabudowania klasztorne. Najstarsze, gotyckie budynki wraz z kościołem skupione są wokół kwadratowego pierwszego wirydarza. Wokół nieregularnego drugiego z wirydarzy znajdują się zabudowania powstałe w okresach późniejszych, głównie w XVII w. Po stronie południowej kompleksu znajdują się tereny zielone, w tym podwórze gospodarcze i ogród, zajmujące obszar dawnych umocnień okolskich (wału i fosy). Najmłodszym elementem zespołu jest ukończona w 2017 roku biblioteka prowincjalna.
Zespół zabudowy kościoła i klasztoru oo. Franciszkanów w Krakowie figuruje w Rejestrze Zabytków Miasta Krakowa pod numerem A –22 (A-189/M; wpis z dnia 2.06.1934). Położony jest również na obszarze „Układu urbanistycznego miasta Krakowa w granicach Plant”, wpisanego do rejestru zabytków pod nr A-1 (wpis z dn. 22.05.1933) i na Listę Dziedzictwa Światowego (1978), a także na obszarze „historycznego zespołu miasta Krakowa”, uznanego za Pomnik Historii zarządzeniem Prezydenta RP z 8 września 1994 r. (Monitor Polski 1994 nr 50 poz. 418).