Krypta zlokalizowana jest w części południowej ramienia wschodniego krużganka klasztornego. Ma kształt nieregularnego prostokąta zbliżonego proporcjami do kwadratu o wymiarach około 330 x 355 –370 cm. Jej ściany wzniesiono z cegły palcowanej. Przy ścianie północnej znajdują się schody z wąskimi, wysokimi stopniami. Krypta ma sklepienie kolebkowe. Wejście do krypty zamyka płyta kamienna widoczna w posadzce. Przy schodach zgromadzono liczne luźne kości ludzkie, pochodzące najprawdopodobniej z porządkowania innych krypt lub terenu wokół kościoła, wsypane bezpośrednio przez otwór w posadzce krużganka. Na podstawie pomiarów cegieł ustalono, iż krypta powstała w 2. połowie XVII lub w na początku XVIII wieku, natomiast schody dodano pod koniec XIX lub na początku XX wieku.
