Krypta zlokalizowana jest w północnej części krużganka zachodniego, na przecięciu z dawnym krużgankiem południowym (obecną kaplicą Matki Boskiej Bolesnej). Wejście do krypty zaznaczone jest obecnie w posadzce kamienną płytą zasłaniającą otwór wejściowy. Po podniesieniu płyty okazało się że krypta po sklepienie i schody zasypana była kośćmi ludzkimi. W ten sposób przeznaczono ją na ossuarium.
